Das Defizit des Klinikums beschäftigt aktuell vor allem auch die Kämmerer und Bürgermeister der Gemeinden in den Landkreisen Deggendorf und Dingolfing-Landau. Denn mittlerweile ist klar, die Verluste fallen so hoch aus, dass das Donau-Isar-Klinikum 2024 Nachschüsse der beiden Träger-Landkreise braucht, die sich das Geld wiederum – ganz oder zum großen Teil – bei ihren Kommunen über die Kreisumlage holen.