Er ist stellvertretender Direktor der Klinik und Poliklinik für Chirurgie an der Uni Regensburg und hat seit Anfang des Jahres eine Professur für Allgemein- und Viszeralchirurgie an der Uni-Klinik inne – mit nur 41 Jahren.
Prof. Dr. Stefan M. Brunner ist einer von wenigen Chirurgen, die Lebertransplantationen sogar an Säuglingen und Kleinkindern durchführen können. Er stammt aus Winzer und kommt noch regelmäßig nach Deggendorf.
Einmal im Monat übernimmt er als Notarzt eine Nachtschicht für das BRK.