Nachdem Kaiser Karl V. drei Mal den Reichstag nach Regensburg einberufen hatte, wurden die Reichsversammlungen von seinen Nachfolgern seit 1594 nur noch nach Regensburg ausgeschrieben. Die Reichsstadt war ja groß und geräumig und sowohl über die Donau wie über die deutschen Handels- und Fernstraßen gut erreichbar. Konfessionell gemischt, bot sie im Kleinen ein Abbild der Zustände im Reich.
Ein matter Abglanz der feudalen Fürstenherrlichkeit fiel auf die Stadt, als sie ab 1663 zum Sitz des Immerwährenden Reichstags wurde. Bis 1803/1806 trafen sich im Reichssaal des Alten Regensburger Rathauses kaiserliche und kurfürstliche Gesandte, Reichsgrafen, Reichsritter, Prälaten und Vertreter der übrigen Reichsstände zum "Parlament" ("Aussprache"). Diplomaten aller Mächte wurden von den Reichsorganen mit großem Zeremoniell empfangen. Seit 1748 stellte das fürstliche Haus Thurn und Taxis, das durch sein Postprivileg über reiche Einkünfte verfügte, das ehrenvolle Amt des Prinzipalkommissars, wie der Vertreter des Kaisers auf dem Reichstag genannt wurde. Infolge des erblichen Reichspost- und Kuriergeneralats und höchster Ämter stiegen die Fürsten Thurn und Taxis im 18. Jahrhundert zu den reichsten Grund- und Realitätenbesitzern Bayerns auf, und im 19. Jahrhundert versippten sie sich mit dem europäischen Hochadel.
Die Verlegung ihrer Residenz von Frankfurt in die Stadt des Ewigen Reichstags 1748 bescherte Regensburg Ereignisse von hohem gesellschaftlichen Rang und zog Künstler und Gelehrte an. 1810 wurde Regensburg ein Teil des Königreichs Bayern. Der geistliche Besitz wurde säkularisiert. Als Entschädigung für die Aufgabe des Postmonopols wurden der fürstlichen Familie Thurn und Taxis 1812 das Areal und die stattlichen Gebäude des ehemaligen Benediktinerklosters St. Emmeram im Südteil der Stadt übertragen.
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